Корректно: Комиссия по урегулированию излишков/недостач, выявленных при совершении кассовых операций, хранении и перевозке ценностей, решила...
Правильно: излишков не обнаружено.
Это значение у слова вода уже не является необычным, непривычным, оно фиксируется словарями русского языка. Но фиксируется, как правило, с пометой разг. (разговорное). Поэтому в нейтральном контексте кавычки могут быть уместны (они покажут, что слово принадлежит другому стилю речи). Окончательное решение принимает автор текста.
Правильно: излишков.
Трудности вызывает только форма родительного падежа мн. числа, правильно: излишков.
Р. п. - излишков.
Правильно: излишков.