1. Нет, корректно написание строчными буквами.
2. Корректно: Мюнхенская королевская академия художеств.
Корректно: Томский российско-немецкий дом, администрация Томской области, проект "Российско-немецкая молодежная академия", "академовцы", департамент образования Томской области.