В обоих случаях следует писать слитно: примеры неустраненных нарушений, примеры нарушений с длительным сроком неустранения.
Верно: в случае неустранения нарушений.
Правильно слитное написание не.
Правильно слитное написание: в случае неустранения замечаний. Запятую после этих слов ставить не надо.