Корректно: в соответствии с протоколом прошу...
Выбор окончания зависит от контекста, ср.: привести что-либо в соответствие графику – работать в соответствии с графиком.
Верно: (находиться) в соответствии, (привести) в соответствие.
Верно: поступать в соответствии с требованиями, привести в соответствие с требованиями.
Правильно: в соответствии с указанием.
Правильно: в соответствии с пунктом договора.
Корректно: приведено (во что?) в соответствие. См. словарную фиксацию.