НЕЗАВИСИМО ОТ ТОГО, ЧТО, союз

Придаточные предложения, присоединяемые союзом «независимо от того, что», выделяются (или отделяются) запятыми. При этом первая запятая обычно ставится не перед союзом, а между его частями (перед словом «что»).

Оставалась одна Евпраксеюшка, но независимо от того, что это был ресурс очень ограниченный, и в ней произошла какая-то порча, которая не замедлила пробиться наружу... М. Салтыков-Щедрин, Господа Головлевы. Он не знал еще и того, что его собственная судьба и судьба всех, кто был рядом с ним… теперь стали общей судьбой независимо от того, что ждало каждого… Ю. Бондарев, Горячий снег.

Однако возможна постановка запятой и перед союзом (перед словом «независимо»), и между его частями (перед словом «что»).

Рассуждать научились? Смирно! И я стою. Потому что, независимо от того, что я думаю о Яценко, есть армия, есть дисциплина, есть вещи выше наших личных взаимоотношений и обид. Г. Бакланов, Пядь земли.