Корректно согласование в ж.р.
Верно: Индивидуальный предприниматель Сидорова Ольга Ивановна, именуемый в дальнейшем «Заказчик»... (и вторая сторона договора) заключили настоящий договор...
В подобных контекстах сочетание в том числе не требует обособления, а кроме того, его употребление стилистически сомнительно. Подробнее см. в ответе на вопрос 313488, где разобран аналогичный случай.
Ошибок нет.
В строгой деловой речи принято формальное согласование, по мужскому роду (безотносительно к полу лица): ООО «Лютик», именуемое в дальнейшем «Исполнитель», и индивидуальный предприниматель Иванова Алла Петровна, именуемый в дальнейшем «Заказчик» (согласование: индивидуальный предприниматель... именуемый).
В других формах письменной речи (а не в безликой канцелярской) будет уместен женский род. Например, в газетном тексте: Индивидуальный предприниматель Иванова обратилась в суд с требованием...