Синонимы – прививка и вакцина (не вакцинация). Но при этом слова различаются стилистически: вакцина – медицинский термин, а слово прививка употребляется в живой разговорной речи. Поэтому в официальной речи уместно в школе проходит вакцинация, а в непринужденной разговорной – в школе делают прививки от гриппа.

Предложение построено неудачно. Нужно его переформулировать.

Варианты равноправны.

Может быть, лучше сказать "дополнительный урон от чего-либо"?

Корректная пунктуация: Он по памяти поставил их не туда, куда нужно, а может быть, и в самом деле это была прибавка со стороны нового хозяина...

Сочетание "делать прививку" корректно.

Если слово "придирка" употребляется в прямом значении "мелочный упрек, замечание", оно не заключается в кавычки.

Слово "гостовский" в кавычки не заключается.