Известность или неизвестность названия – важный фактор, влияющий на его склоняемость/несклоняемость в сочетании с родовым словом. Топоним Комрат не является хорошо известным, поэтому его лучше оставить несклоняемым: в городе Комрат. Впрочем, если текст ориентирован на читателей, которым хорошо знакомо это название (например, на молдавских читателей), то его можно и склонять.

Нет, поскольку русское слово молдаване образовано от русского названия страны – Молдавия. Республика Молдова – это название, используемое в официальных документах. Наличие этого официального наименования не отменяет существования в русском языке слова молдаване. Аналогично: Республика Беларусь (официальное название в документах), но белорусский, белорусы (эти слова образованы от слова Белоруссия, которое по-прежнему употребляется в неофициальных текстах).

В русском языке давно существует целая группа слов, однокоренных со словом Молдавия: молавский, молдаване, молдаванка, молдаванский (к Молдавия и молдаване), по-молдавски, молдавско-российский и др. В нескольких из них ударение падает на гласный а. Появление нового названия Молдова не должно менять исторически и системно мотивированных норм произношения и написания.  

В официальных документах принято не склонять, в публицистике и в разговорной речи употребляются склоняемые варианты.

Можно.

В документах правильно: Республика Беларусь, Республика Молдова, Республика Македония ("Бывшая югославская Республика Македония" - только в документах ООН). В литературе используются и неофициальные названия республик.

1. Склоняются. Правило таково: мужские фамилии, оканчивающиеся на согласный, склоняются. Фамилии грузинского происхождения на -ия также склоняются. 2. Согласно официальным документам правильно: Республика Беларусь, Республика Молдова.