Сочетание ЧН, как правило, произносится в соответствии с написанием. В ряде случаев допустимо произношение [шн] рядом с произношением [чн]: булочная. В некоторых словах на месте чн произносится [шн]: яичница, конечно. Все варианты произношения зафиксированы в словарях.

Произношение звуков, передаваемых на письме буквой я, в этом слове вполне «традиционное»: так же, как и в других словах с я в начале слова, на месте я произносится сочетание [йие] – [йиеишн']ица, ср. язык, январь ([йиезык], [йиенвар']) и др. «Йот» в слове яичница произносится очень слабо, но всё-таки произносится.

Согласно орфоэпическим правилам (см., напр., «Орфоэпический словарь русского языка» под ред. Р. И. Аванесова) буквы е и я в начале слова обозначают гласный [ие] с предшествующим [й], т. е. сочетание [йие]. Произношение звуков, передаваемых на письме буквой я,  в слове яичница ([йиеишн']ица) ничем не отличается от произношения в других словах с я в начале слова, ср. язык, январь ([йиезык], [йиенвар']), т. е. слово яичница не является каким бы то ни было исключением (хотя «йот» и произносится в этом слове слабо). Произношение «иичница» неправильно. Во избежание разночтений ответ на вопрос № 266317 дополнен.

У слов глаз и глазунья общий корень, потому что смысловая связь между ними ощущается носителями языка. Глазунья – это яичница, в которой желток зажаривают целиком, не смешивая с белком, и он напоминает глаз. Слова глаз и глазунья можно назвать однокоренными и родственными.