Правильно: Сначала я не поняла, при чём тут Нижний Новгород. Обособляется придаточное предложение.
В таких контекстах при чём — сочетание предлога с местоимением. Подробнее см. на сайте «Орфографическое комментирование русского словаря» (в поисковую строку нужно ввести слово причём, задав функции «Искать в заголовках статей» и «Искать в тексте статей»).
В вопросах правописания нужно придерживаться рекомендаций орфографического словаря.
В конструкции при чём здесь / тут... правильно раздельное написание: при чём здесь я? при чём тут это? Слитно пишется союз причём: Она решила всё выяснить, причём здесь и сейчас.
Должно быть раздельное написание. Отрицание: ни при чём.
Что касается слитного написания в «Большом толковом словаре» – мы передадим Ваш вопрос главному редактору словаря С. А. Кузнецову.