Верно: Индивидуальный предприниматель Сидорова Ольга Ивановна, именуемый в дальнейшем «Заказчик»... (и вторая сторона договора) заключили настоящий договор...
1. Верно: индивидуальный предприниматель... действующий на основании свидетельства. 2. Согласование зависит от смысла. Если на основании положения действует начальник, то верно: действующий. Если на основании положения действует управление, то верно: действующего.
Выделение приставки возможно. См. здесь.
Лучше - является.