По правилам русского языка, слова в словосочетаниях и предложениях связаны друг с другом, причем в большинстве случаев за счет того, что они меняют свою форму (число, род, падеж и т. д.).

Верно: Ивановой Марине Петровне — исполняющей обязанности начальника (здесь речь идет о согласованном приложении исполняющей обязанности начальника, которое меняет форму в соответствии с формой главного слова).

Верно: и. о. начальника отдела (в этом словосочетании главное слово обязанности требует от зависимого слова начальник формы родительного падежа: исполняющий обязанности — кого? — начальника отдела).

Правильно: и. о. главного инженера.

Это разные сокращения: и. о. – исполняющий обязанности, врио – временно исполняющий обязанности.

Общепринятое сокращение: врио.

Верно написание строчными буквами: и. о.

Правильно строчными: и. о. директора филиала.

Правильно: и. о. директора.

Знаки расставлены верно. Приложения (должность, ученая степень, звание и др.), стоящие после определяемого слова, независимо от передаваемого ими значения, разделяются запятыми и обязательно выделяются.

Буква ё обозначает два звука – [j] и [о]. О здесь – окончание, а j – суффикс (как и в других собирательных существительных этого типа: зверьё, вороньё, комарьё и т. д.). См. § 402 академической «Русской грамматики».

Нормативные сокращения: Ф. И. О. и ф. и. о. См.: Русский орфографический словарь РАН / Под ред. В. В. Лопатина, О. Е. Ивановой. – 4-е изд., испр. и доп. – М., 2012.