Правильно: заведующая организационно-методическим отделением.
Правильно: заведующий (заведующая) дневным отделением. Такие слова, как заведующий, управляющий, командующий (т. е. существительные, произошедшие из причастий), управляют творительным падежом.
Правильно: управляющий отделением.
Правильно: управляющий отделением банка.
Корректно: заведующий отделением, заведующие отделениями.
Все слова в названии этой должности нужно писать строчными (маленькими) буквами.
Правильно: заведующий отделением.
Правильно: зав. терапевтическим отделением.
Правильно: заведующий терапевтическим отделением, вуз подготовил специалистов.
Правильно: управляющему отделением.