Можно предположить, что в первом случае "он сам" - подлежащее, во втором "сам" - обстоятельство образа действия.
Запятая ставится.
Правильно: само собой (разумеется); само с собой (борется).
В данном случае это вводное сочетание, запятая нужна. Подробнее см. в "Справочнике по пунктуации".
Слова сама по себе не изменяются по падежам: нет кошки, которая гуляет сама по себе, вижу кошку, которая гуляет сама по себе.