Верно: ...в размере девяноста одного миллиона рублей РФ.
Вы правы, в дательном падеже верно: 99 % предпринимателей. Из-за числовой формы в других падежах сочетание выглядит так же.
Верно: погибло 6434 человека; девяносточетырехлетнего возраста.
Это зависит от смысла. Без наращения (К 90 суткам) фраза читается так: К девяноста суткам. А с наращением (К 90-м суткам) так: К девяностым суткам.
Верно: с девяноста тысячами жителей.
Да, правильно.
Верно: в девяноста одном экземпляре.
Вы написали фразу корректно.
Правильно: девяносто. Остальное верно.
Правильно: одна тысяча девятьсот девяносто восемь рублей. Девяноста – форма косвенных падежей: (нет) девяноста рублей.