Сочетание командующий флота неправильно.
Правильно: командующий войсками.
Правильно: командующий (чем?) корпусом, армией, флотом.
Правильно: Взводы, смирно!
Запятая нужна, она закрывает придаточное предложение.
Вы расставили знаки препинания правильно.
Использовать кавычки нет необходимости.