Сочетание командующий флота неправильно.
Правильно: командующий войсками.
Правильно: командующий (чем?) корпусом, армией, флотом.
Правильно: Взводы, смирно!
Запятая нужна, она закрывает придаточное предложение.
Вы расставили знаки препинания правильно.
Возможны варианты оформления: Командир подает команду «огонь!». Командир подает команду: «Огонь!»
1. Такое употребление нарушает грамматическую норму. После слов заведующий, управляющий, командующий существительное ставится в форму творительного падежа.
2. Употребление аббревиатуры НАТО как существительного среднего рода корректно.