Поскольку прилагательное зависит от существительного, оно согласуется с ним в роде, числе и падеже: на 0,3 (чего?) пункта (какого?) процентного. Таким образом, и существительное, и прилагательное при дробном числительном ставится в форме единственного числа родительного падежа: на 0,3 процентного пункта.
Подобные написания фиксирует «Русский орфографический словарь» РАН: двух с половиной летний, двух с половиной метровый, двух с половиной миллионный, двух с половиной процентный, двух с половиной тысячный и др. По аналогии: двух с половиной партийная система.