Приводимые Вами примеры иллюстрируют правило о расчленении сложного подчинительного союза в случае если (сравним примеры расчленения сложного союза оттого что в параграфе 118 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина); этот союз соединяет части сложного предложения. В примере Это был если не лучший, то самый запомнившийся день в его жизни другой союз — если не..., то, и здесь он соединяет не части сложного предложения, а определения к слову день.

В данном случае оттого что — союз. Запятая ставится между его частями, если логическое ударение падает на оттого: И ему было так хорошо оттого, что он услышал это. Запятая ставится перед всем союзом, если логическое ударение падает на хорошо: И ему было так хорошо, оттого что он услышал это.

Подробнее см. в "Справочнике по пунктуации".

1. Оформление зависит от смысла. Например, если в рассказе речь идет о том, как персонаж меняется (проходит путь от Вовки до Володьки), то следует поставить тире с пробелами. А если, например, это разные имена, которыми одновременно называют персонажа другие люди (для кого-то он Вовка, а для кого-то Вован), то лучше писать с дефисами. Универсальный вариант — поставить запятые.

2. Верно: Оттого, что не унижен.

Союз оттого что можно заменить синонимичным союзом потому что. Запятая может ставиться перед союзом или между его частями. Ср.: я счастлива оттого, что он сказал мне эти слова / я счастлива, оттого что он сказал мне эти слова (= я счастлива потому, что он сказал мне эти слова / я счастлива, потому что он сказал мне эти слова) – многое зависит от того, что он скажет (здесь сочетание предлога с местоимением от того, заменить союзом потому что невозможно, запятая может быть поставлена только перед что, на что падает ударение).

В приведенном Вами примере используется союз оттого что.

После оттого ставится запятая, если на это слово падает логическое ударение. В ином случае запятая не ставится.

Если объединить эти предложения, то принцип тот же. Если на оттого падает логическое ударение, то верно: ...а по принципам советской конторы оттого, что она, по сути, формировалась... Если оттого не выделяется интонацией, то верно: ...а по принципам советской конторы, оттого что она, по сути, формировалась...

Обратите внимание, что здесь не вполне ясно, какое слово заменяет местоимение она: группа или контора.