Выражение как по команде, выполняющее фукнцию обстоятельства образа действия, фразеологическое, оно синонимично наречию разом и само по себе не требует обособления. Находясь в конечной позиции, оно, как и любой другой второстепенный член, может приобретать характер присоединительной конструкции; смысловым центром предложения в этом случае будут сказуемые обернулись и поклонились, а обстоятельство как по команде будет нести добавочную информацию. Такие конструкции отделяются тире:  Ребята обернулись и поклонились — как по команде.

Вполне очевидно, что слова с одним и тем же заимствованным корнем, в данном случае латинским, в разных языках могут иметь свои особенности значения и употребления. Судя по словарным данным, в русском языке глагол эвакуировать и существительное эвакуация свободно сочетаются с существительными, обозначающими людей. Это подтверждается многочисленными примерами из Национального корпуса русского языка. 

Первая запятая отделяет междометие от остального предложения, вторая — присоединительную конструкцию, третья — придаточную часть. Заметим, что, поскольку после присоединительной конструкции предложение продолжается, её лучше оформить как вставку: Увы, всё это тоже снесли (кое-что подчистую), когда вместо старой «большой деревни» власти создавали новый социалистический город.